Não existe simetria no conjunto, mas há elementos dispostos simetricamente em relação à entrada principal, que parece ser o centro de uma composição que não chegou a seu fim.

A área conta com sete pátios abertos, dos quais existe a certeza de pelo menos um ter sido coberto por telhado. O prédio foi tombado em 1955 pelo Departamento do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (DPHAN) e em 1968 iniciaram-se as obras de consolidação e conservação-restauração da capela e das paredes de rocha das muralhas. As aberturas existentes em suas paredes foram vedadas e a desocupação de seu interior foi efetuada.

O trabalho inicial de proteção das ruínas contra a erosão pelos ventos e ações predatórias foi iniciado em 1968 e consolidado em 1974. Em 1995 o museu passou por uma obra de consolidação das ruínas. Entre os anos 1980 e 2000, o museu passou por períodos intermitentes de funcionamento. E em 2009, já sob a administração do Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM), a capela passou por uma reforma que visou à readequação do espaço para abrigar uma nova exposição de longa duração.

A fim de adaptar as ruínas do antigo Recolhimento de Santa Teresa para receber as atividades do museu, foram realizadas as seguintes intervenções: construção das salas da administração, consolidação e obturação das falhas generalizadas nos paredões externos e construção de banheiros para atender ao público.

Tudo isto foi previsto e realizado de modo a preservar a ambiência típica desta ruína histórica, com permanência de vegetação nativa brotada sobre as muralhas e fazendo-se o plantio de relva nos chãos de espaços e recintos a céu aberto.

Histórico do museu

Já conhecemos a história do Recolhimento de Santa Teresa no século XVIII, seu período de abandono no século XIX, a tomada de seu espaço pelos pescadores e seus pedidos para a criação de um museu no local.

Após o tombamento do que restou do Recolhimento em 1955, sucessivas correspondências expedidas pela presidência da Colônia de Pescadores demonstravam uma preocupação com a preservação do monumento, solicitando ao Governo do Estado e ao então DPHAN que retirassem dali a casa de motor da Companhia Territorial Itaipu, proprietária do terreno, para que o bem viesse a servir de sede à Colônia.

A Companhia Territorial Itaipu, por sua vez, se dirigiu ao DPHAN, acusando o interventor da Colônia de ocupar indevidamente as ruínas do Recolhimento.

Na década de 1960, o arquiteto Edgard Jacintho, chefe do Departamento de Conservação e Restauração do DPHAN, dedicou-se ao projeto de criação de um museu a ser instalado no monumento. Vale lembrar que em 1970 o DPHAN foi transformado em Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN).

Fundado em 22 de março de 1977, o então chamado Museu de Arqueologia de Itaipu teve seu projeto de criação empreendido pelo próprio Edgard Jacintho, com o apoio de Renato Soeiro, diretor do IPHAN à época. Foi pensado de forma a dotar o bem tombado de uma função didático-científica compromissada com a salvaguarda e a difusão do patrimônio cultural de natureza arqueológica, intensificando o turismo na região e alinhando-se às diretrizes do MEC naquele período.

O Museu deveria, ainda, se estruturar em relação direta e integradora com seu entorno, suas atividades extrapolariam as convencionais exposições intramuros e se estenderiam aos sítios arqueológicos da região, em particular, o Sítio Duna Grande.

Inaugurado o museu na década de 1970, um período no qual a região oceânica de Niterói passava por mais modernizações urbanísticas, novas descobertas arqueológicas foram feitas. Durante a abertura da estrada para Camboinhas em 1978, foi localizado o sítio arqueológico da Duna Pequena. Infelizmente, as obras deixaram essa região sambaquieira parcialmente destruída.

Então, em 1979, foi elaborado um projeto de salvamento desse sítio arqueológico, tendo em vista um projeto ainda maior de urbanização da orla litorânea de Itaipu que seria efetuado pela Companhia de Desenvolvimento Territorial, proprietária da área. Vale lembrar que a praia de Camboinhas é contígua à praia de Itaipu (sendo separadas apenas pelo canal da lagoa de Itaipu, só construído na década de 1970). Antes do naufrágio do navio Camboinhas em 1958, toda essa extensão de praia era chamada de Itaipu. Portanto, o já conhecido sítio Duna Grande não fica muito distante do sítio Duna Pequena, encontrado em 1978.

Mais uma surpresa ainda aguardava os pesquisadores. Durante a pesquisa no sítio da Duna Pequena, foi localizado um novo sítio: o Sambaqui de Camboinhas, último remanescente arqueológico de tipo sambaqui entre a região de Niterói a Saquarema. É desse sítio que provém os blocos testemunhos pertencentes ao museu, cuja técnica de preservação – cimentação ou plastificação do encaixotamento de vestígios arqueológicos, tais como o solo, a estratigrafia etc. – foi desenvolvida e aplicada pioneiramente pelo Padre Rohr no Sítio do Sambaqui de Camboinhas, visando ao estudo posterior do material em laboratório. Somente um dos seis blocos foi datado, constando sua existência de 6000 a.C. (oito mil anos de idade).

Esses blocos testemunhos do Sambaqui de Camboinhas, hoje sob guarda do Museu de Arqueologia de Itaipu de Itaipu, foram preservados graças à “Pesquisa de Salvamento em Itaipu”, realizada em 1979 sob coordenação da Prof. Dra. Lina Maria Kneip, por meio de um acordo de cooperação técnica entre o IPHAN e o Museu Nacional/UFRJ.

O objetivo de tal cooperação era de auxílio dos profissionais do Museu Nacional na localização, identificação e verificação do estado de conservação dos sítios arqueológicos do estado do Rio de Janeiro. A pesquisa tinha como objetivo a reconstituição do quadro arqueológico e ecológico do litoral de Itaipu; os estudos da adaptação de culturas caçadoras, pescadoras e coletoras litorâneas; e a evolução do meio natural.